Puigcerdà es troba edificada sobre un turó argil.lenc, molt a prop de la vall del riu Querol, que es d'origen glacial. El substrat és bàsicament sedimentari i no hi ha grans masses rocoses prop de la superfície. La Cubeta de la Cerdanya: està formada per fractures orientades en sentit NE-SO. Pertanyen a la unitat neògena inferior i són una zona lacustre poc profunda amb diversos afloraments. Podem destacar-ne el de Puigcerdà, Saneja, Guils o Bell-lloc, sobre dipòsits al.luvials, i el cambroordovicià turó de Llívia.

Ventajola resta a l'esquerra del final de la llengua glacial de la Vall del Querol, mentre que Sant Marc i Age formen part de la plana cerdana. Vilallobent es troba als peus del Serrat de Montagut, que forma part del sistema de falles radials cerdanes. Aquestes muntanyes són ja Pre-Pirineu, si bé es troben molt properes a la regió de contacte propera al Puigmal, que encara és Pirineu Axial

El turó de Puigcerdà només ho sembla des d'unes determinades posicions, ja que per la regió altiplana roman unit amb el sistema de muntanyes que arriben fins a Bell-Lloc, pels plans de Rigolisa i Enveig.