En conjunt, però, el segle XVIII fou de relativa pau i de progrés fins a la Revolució Francesa i la proclamació de la Primera República Francesa. La mort de Lluís XVI va obligar el rei d'Espanya, a causa de pactes de família, a atacar França, amb la qual cosa la Cerdanya esdevingué de nou un camp de batalla en 1.793, novament ocupada tota la part que havia romàs en la zona espanyola fins al 1.795. Amb tot, en un primer moment -seguint Salhins-, la majoria dels cerdans, amb l'efímera ocupació de les tropes espanyoles el 1.793, ho va celebrar i els donà la benvinguda. Reconquerida de nou la contrada pels francesos, les represàlies no es feren esperar, sobretot a causa de les denúncies.

Fou un moment en què emigraren molts cerdans francesos cap a terres espanyoles, però també, els anys següents, començà a perfilar-se més clarament la frontera, sobretot en retornar els fugitius i en anar acceptant progressivament el fet francès per tal d'obtenir avantatges. Això va fer que anessin identificant els interessos locals amb els interessos francesos, amb la qual cosa s'iniciava el procés de cristal.lització de les identitats nacionals d'un i altre costat de la ratlla tot i que, en l'aspecte estatal, continuava discutint-se per on havia de passar.

En tot cas, aquestes contínues entrades dels exèrcits francès i espanyol no afavoriren en res l'economia puigcerdanesa, molt desgastada pels impostos, bagatges i subministres, a més d'altres fets més cruents com empresonaments, afusellaments o simplement assassinats. De l'ocupació de 1.793 hi ha constància de la destrucció de totes les esglésies de Puigcerdà i de la crema dels altars dels convents de Sant Agustí i de Santa Clara. Se n'endugueren totes les campanes, així com tots els objectes de metalls nobles de la parroquial.