Els inicis del segle XIX començaren amb la darrera invasió francesa, concretament amb l'ocupació napoleònica. Era el setembre de 1.810 quan el general Augereau ocupava la Cerdanya espanyola. Al cap de pocs dies li féu front el general Milans del Bosch, sense èxit. Entre 1.811 i 1.812, la terra cerdana va tornar a ser un camp de batalla, en el qual Puigcerdà seria ocupada i evacuada almenys quatre vegades. Seria per l'abril de 1.812 quan el general Quesnel l'ocuparia per l'espai de dos anys i hi declarà constituït el Departament del Segre amb capital a Puigcerdà, d'acord amb el Decret de Napoleó del 26 de gener de 1.812. Allí s'hi establí la seu del nou prefecte (Viefville des Essarts) i s'hi construí una nova fortificació al costat de l'estany, que seria volada a la seva marxa el 1.814, no sense deixar d'endur-se'n ostatges, pels quals s'hagué de pagar un important rescat.

Fou una ocupació dura, com ho manifesten els escrits dels pobles en contestar al corregidor de com havia anat. Tots coincideixen a haver-se arruïnat a causa de les fortes contribucions exigides. Si no es podien pagar, prenien presoners fins que es feien efectives. Molts documenten constants saquejos, aportació de bagatges, subministres en queviures, d'herba i palla, allotjaments, així com una extraordinària tala d'arbres que de ben segur deuria deixar la comarca en un estat deplorable. A Sant Martí d'Aravó no en quedar cap. També hi ha alguna notícia de robatoris d'objectes de culte de valor en alguna església, així com maltractaments i alguns morts.

Salvat aquest darrer enfrontament amb el francès, els cerdans espanyols devien pensar que retornava la tranquil-litat administrativa i la pau. Ben al contrari, no haurien de passar gaires anys per retrobar-se de nou en el frec bèl.lic entre reialistes i nacionals o liberals. De fet, entre 1.822 i 1.874 es trobaria de ple en la contenda, i Puigcerdà, plenament liberal, hagué de fer front a tres importants setges carlins (1.837, 1.873 i 1.874), dels quals sempre en sortí victoriosa i va guanyar-se els títols d'Heroica (1.837) i el de Sempre Invicta (1.874). Fou el moment, tanmateix, en què moltes ciutats dedicaren un carrer a Puigcerdà i en què el Govern va posar el nom de la població a un vaixell de guerra de tipus Monitor. A més, va organitzar-s'hi una ronda volant per perseguir els carlins que recorrien la comarca i que, fins i tot, s'endinsava en el Ripollès i el Berguedà.

Mentrestant, el 1.833, i pel que fa a la zona espanyola, hauria de succeir-hi un altre greuge administratiu, com ho fou el de partionar-la en dues províncies, Girona i Lleida, de manera que la Batllia i el Baridà passaren a formar part d'aquesta segona amb dependència judicial, registral, notarial, etc. del districte de la Seu d'Urgell, mentre que la resta ho feu de la primera, amb cap a Puigcerdà. El corregiment desapareixia en favor de les províncies, i amb elles l'administració territorial s'allunyava a Girona i Lleida respectivament.

Per la seva part, les discussions entorn a la delimitació de la frontera al llarg d'aquest segle haurien de venir a ser l'excusa perquè s'iniciessin no pocs enfrontaments entre pobles veïns d'un i altre costat, sense adonar-se que, en el fons, estaven solidificant cada cop més la frontera malgrat els lligams familiars existents. Finalment, a partir de 1.868, amb el Tractat de Baiona, es donà el vist-i-plau a l'amollonament de la frontera i, en definitiva, físicament es delimitava la pèrdua d'una terra germana i s'establien els límits nacionals partionadors d'un territori i d'una gent que en aquesta època tenien en comú la seva vida, ja que parlaven, vestien i empraven els mateixos sistemes i eines de treball, a més de ser parents entre ells.

En finalitzar el període de les guerres carlines, la Cerdanya seria descoberta per a una classe benestant de Barcelona, principalment industrials, al voltant dels quals es vincularien polítics i gent del món de la cultura. És el moment en què es comencen a construir les torres xalets eclèctiques que hom troba força concentrades a Puigcerdà, en especial vora l'estany. La comarca havia descobert el turisme. Paral.lelament, el fet coincideix amb l'inici de l'enderrocament de les muralles puigcerdaneses d'acord amb el permís governamental de 1.886.