Les funcions que el Museu Cerdà acompleix en l’actualitat –a l’espera, també, de poder exposar les seves col·leccions de forma permanent– són les següents:

•  La classificació, documentació i informatització de les col·leccions existents, així com de les noves aportacions que es fan permanentment al seu fons.La recerca i adquisició de nous materials, bé mitjançant la compra, bé per altres mitjans (donació, dipòsit, llegat...).
• El muntatge d’activitats pròpies o bé en col·laboració amb altres entitats o departaments municipals, de caire permanent i anual, com els diferents concursos fotogràfics, el de cartells de la Festa de l’Estany o el de Pintura ràpida, les Trobades Micològiques, la Festa del Patrimoni o els cursos de restauració.
• L’acolliment d’exposicions temporals i/o itinerants temàtiques –en ocasions, amb adaptacions pròpies-– o d’autor i el muntatge d’algunes de pròpies o en col·laboració amb el GRC (Grup de Recerca de Cerdanya) –Sales d’exposició temporal –.
• La difusió patrimonial a través d’articles a la premsa gratuïta, programes radiofònics, etc. i el muntatge d’alguns tallers pedagògics i xerrades pels escolars (arqueologia, història, flora i fauna, micologia...), en col·laboració amb el GRC (Grup de Recerca de Cerdanya).
• Tasques de consolidació i restauració de les peces del Museu per part de professionals.
• Foment de la recerca i aplicació de la mateixa, a través del Col·loqui Internacional d’Arqueologia de Puigcerdà (amb l’ IEC), amb la Fundació Catalana per a la Recerca, les Universitats de Barcelona i Autònoma de Bellaterra o diverses associacions pel que fa la micologia. Hem gaudit d’ajuts relacionats atorgats pel CPCPTC/IPEC i per l’AGAUR.
• Vetlla, protecció i assessorament sobre el Patrimoni cerdà, així com col·laboració en l’edició de publicacions relacionades amb aquest.
• Acollida i coordinació dels diversos actes programats per entitats i associacions comarcals o foranes (conferències, cursos, jornades, concerts, audicions de música, teatre, casaments civils...) que es realitzen al Museu –Sala de Convencions-auditori.
• En l’aspecte transfronterer es treballa regularment amb diverses entitats i institucions del costat francès, i en aquest sentit hom ha gaudit de dos ajuts europeus (programes Interreg IIA i III)conjuntament amb el Musée de Cerdagne (Ste. Léocadie/Santa Llocaia, Cerdanya).